• 検査室では通常トリクローム染色変法を使用．電子マイクログラフが種同定には必要．
  

• FAとPCR法が開発中．
  

• 眼（角結膜炎）
  

• Encephalitozoon hellumまたはE. cuniculi
  

• Vittaforma (Nosema) corneae
  

• Nosema (Vittaforma) ocularum
  

• 消化器：血便ではない水様便，胆管炎または無石胆嚢炎も含む
  

• Enterocytozoon bieneusiはHIV患者でもっとも多くみられる種：移植患者での報告もある（Am J Transplant 10: 1925, 2010）．
  

• Encephalitozoon (Septata) intestinalis
  

• 播種性
  

• E. hellum, E. cuniculi，E. intestinalis
  

• Pleistophora 属
  

• Trachipleistophora 属
  

• Anncaliia 属：たとえば，A. vesicularum および A. algerae
  

• 骨格筋，副鼻腔
  

• HIV患者でCD4数が低い場合は，有効な抗レトロウイルス療法を行うことが最も重要．
  

• 角結膜炎：
  

• Fumagillin-bicyclohexylammonium (Fumidil B) 3mg/mL生食（Fumagillin 70μg/mL）点眼：2滴2時間ごと・4日，その後2滴1日4回
  

• 現在専門薬局からの入手ができないため，情報源不明
  

• 播種性ミクロスポリジア症を伴う場合は，アルベンダゾール400mg経口1日2回・2～4週（正確な治療期間は不明：HIVが関連している場合は症状が解消されるまで治療を続け，CD4がARTに反応するなら，CD4＞200となって以降6カ月継続する）
  

• 消化器感染または播種性感染：
  

• アルベンダゾール
  

• 成人：400mg経口1日2回・2～4週，正確な治療期間は不明：最新のガイドラインではCD4＞200となって以降6カ月の治療が推奨されている．
  

• 小児：15mg/kg/日経口1日2回に分割
  

• TrachipleistophoraまたはAnncaliiaに対し，ITCZ 400mg経口1日1回＋アルベンダゾール400mg経口1日2回が有効である可能性もある．
  

• E. bieneusiおよびV. corneaeには無効
  

• E. bieneusi に対してFumagillin 20mg経口1日3回および関連の化合物TNP-470が奏効したとの報告（AIDS 14: 1341, 2000；N Engl J Med 346: 1963, 2002；Am J Transplant 10: 1925, 2010）があるが，どちらも米国では入手できない（好中球減少症および血小板減少症を引き起こす）．Fumagillinは現在ではSanofiから入手できない
  

• 現在のところ，有効な第二選択薬はない．
  

• E. bieneusianに対しては，Nitazoxanide 500mg経口1日2回・最低14日（単発的な症例報告に基づく）を考慮する．
  

• 総説：Curr Opin Infect Dis 24: 490, 2011；Clin Microbiol Rev 34: e0001020, 2021．
  

• ミクロスポリジア症を含むHIV関連の日和見感染については，最新のガイドライン参照